In 1564 verschenen de dijkwerkers en nog voordat de herfststormen begonnen, kwam de bedijking gereed. De nieuwe polder lag op een eiland, het Eiland van Klundert en de Ruigenhil, dat omspoeld werd door het Hollandsch Diep, Volkerak, Dintel en Mooye Keene.

In het jaar daarop werd in de nieuwe polder, die de naam Ruigenhil kreeg, een dorpje met dezelfde naam aangelegd. Het buitendijkse deel van de Hoochkeetse kreek ging als haven dienst doen en het binnendijkse deel werd gedempt.
Het dorpsplan was gebaseerd op een plattegrond dat op Overflakkee in de eeuw daarvoor was ontwikkeld. In West-Brabant waren o.a. ook Fijnaart, Klundert en Standdaarbuiten op dit Flakkeese dorpstype gebaseerd en in 1605 ook Dinteloord.
Loodrecht op de dijk werd de Voorstraat aangelegd met aan weerszijde twee Achterstraten, de West- en de Oostachterstraat (nu resp. Groenstraat en Achterstraat). Aan het einde van de Voorstraat werd een vierkant kerkhof met een straat erom heen aangelegd, de Ring van het kerkhof, vanaf 1607 Kerkring. Langs de haven, die later met een haaks op de voormalige kreekmonding liggende binnenhaven werd uitgebreid, ontstond een spontane bebouwing.
De markies benoemde een polderbestuur met een dijkgraaf, vijf gezworenen en een secretaris/penningmeester. Voor het dorpsbestuur stelde hij een schout en zeven schepenen aan, die samen de magistraat vormden. Voor de administratie werd een stadssecretaris aangesteld. De schepenen, op een na, vormden de rechtbank en waren verplicht om de veertien dagen vierschaar te houden. Zij spraken recht in zowel strafrechterlijke als civiele zaken en stelden aktes op. In strafrechterlijke zaken kon zelfs krachtens de hoge jurisdictie de doodstraf worden uitgesproken waartegen geen beroep mogelijk was. In civiele zaken kon appèl worden aangetekend bij het Leenhof van Bergen op Zoom, vanaf 1611 alleen bij de Staatse Raad van Brabant te Den Haag.

1570 Watersnoodramp
De gestage ontwikkeling van het dorp en de polder werd op 1 november 1570 dramatisch verstoord doordat tijdens een zware storm de Ruigenhilsedijk (nu Stadsedijk en Helsedijk), toen nog een zeedijk, op verschillende plaatsen doorbrak. Deze ramp bracht echter uiteindelijk voor generaties van boeren een aanzienlijk voordeel op, doordat Alva, als landvoogd van de Spaanse koning Filips II die het markizaat had geconfisqueerd, de Oost- en de Westzeedijk met de buitendijkse gorzen en het recht van aanwas in erfpacht aan de ingelanden uitgaf tegen een jaarcijns van vijfentwintig gulden. Vooral nadat de gorzen werden bekaad, leverde de verpachting hiervan zoveel op dat het onderhoud van dijken, sluizen en watergangen hiervan geheel betaald kon worden. Vanaf 1853 werden zelfs jaarlijks uitkeringen (de 'uitdelingen') aan de ingelanden gedaan.

1571 Invallen van de Watergeuzen
Na de watersnoodramp volgde een andere ramp. Het Eiland van Klundert en de Ruigenhil werd in 1571 het doelwit van aanvallen van de Watergeuzen met de plunderingen van dien. In het jaar daarop werd het zelfs een belangrijke uitvalspost voor hen. Een regiment Walen in Spaanse dienst kreeg opdracht om in de nacht van 28 op 29 november 1572 een aanval op het Eiland te doen. De Watergeuzen wachtten die aanval niet af en vluchtten. Tegenaanvallen volgden echter al spoedig en de komende jaren zouden rampzalig voor de bewoners zijn. In 1580 richtte de landeigenaar Jacob de Heel Anthonissen zich tot de Raad van Brabant met verzoek tot uitstel van betaling van een aantal schulden die hij door de vele tegenslagen niet kon betalen. De tegenslagen die hij noemde waren: inundatie, berovingen door Spanjaarden en ander oorlogsvolk, afbranding van huis en hof, gevangenneming die met een groot losgeld moest worden afgekocht, lasten van dijkage, contributie tot onderhoud van soldaten, verlies van de oogst en dergelijke.
Een slechte start voor de mensen in de nieuwe polder.

1583 Het dorp Ruigenhil wordt vesting
Markies Jan IV van Glymes was in 1567 in Spaanse gevangenschap kinderloos gestorven. Zijn opvolger Jan van Wittem, die op 1578 huwde met Margaretha van Merode, nicht en erfgename van Jan IV, koos de Spaanse zijde. Hij werd daarom door de Staten-Generaal vervallen verklaard van het bezit van het markizaat. Dit werd in 1582 toegewezen aan prins Willem I van Oranje als schadeloosstelling voor de financiële offers die hij in de strijd tegen de Spanjaarden had gebracht.
In 1583 veroverden de Spanjaarden een groot deel van West-Brabant. Op 17 juni 1583 kwam de tegenover het Eiland van Klundert en Ruigenhil gelegen stad Steenbergen in hun handen, waardoor de positie van de Staatsen ernstig werd verzwakt. Ter bescherming van de zuidgrens van Holland en van de belangrijke waterwegverbinding tussen Holland en Zeeland, besloot prins Willem om het dorpje Ruigenhil te versterken. Hij gaf daartoe op 30 juli 1583 opdracht aan de ingenieur Abraham Andriesz. Deze ontwierp een aarden omwalling met binnendijks vijf bastions en omgeven door een natte gracht volgens het Oud-Nederlandse vestingstelsel. De kleine buitendijkse werken werden tussen 1598 en 1603 vervangen door twee grote buitendijkse bastions naar ontwerp van Johan van Rijswijck. Tussen 1621 en 1627 werden de vestingwerken verder uitgebouwd.
(Zie ook de Vestingpagina).
De nieuwe vesting kreeg een garnizoen van een compagnie Duitse soldaten en als gouverneur van het Eiland van Klundert en de Ruigenhil alsmede het fort Noordam aan de Roode Vaart werd aangesteld jonkheer Emmery de Liere.
Het dorp Ruigenhil kreeg al vóór de dood van prins Willem op 10 juli 1584 de naam Willemstad. Van stadsrechten was echter toen nog geen sprake; de fortificatie alleen al was kennelijk genoeg om van het dorp een stad te maken. Een constitutionele basis hiervoor werd pas verkregen door een in 1586 door prins Maurits verleend charter, waarbij een aantal privileges werd verkregen en de verhouding tussen de heer en zijn stad werd geregeld.

1587 Onder het gouvernement van prins Maurits
De band tussen prins Maurits en Willemstad werd in 1587 versterkt. De verzakte vestingwallen moesten weer op profiel gemaakt worden, iets wat het stadje, dat ook al het onderhoud van soldaten en andere oorlogslasten voor zijn rekening moest nemen, niet kon opbrengen. Van de Staten-Generaal kregen zij toestemming de generale middelen - belastinggelden die aan de Raad van State moesten worden afgedragen - voor deze lasten te bestemmen. Daarna stelde de magistraat, evenals die van Fijnaart en Heijningen die aan het onderhoud van de vestingwerken moesten meebetalen, zich met diens welwillende toestemming onder het gouvernement van prins Maurits. In ruil voor de generale of gemene middelen zou hij Willemstad moeten vrijwaren van allerlei oorlogslasten. De Staten-Generaal gingen hiermee akkoord op voorwaarde dat de gage van de prins als gouverneur van Brabant en Vlaanderen van 7200 gulden per jaar hieruit betaald werd.
Het bleek voor het Huis van Oranje tot 1795 een zeer voordelige regeling te zijn. Willemstad zat stevig in de greep van Oranje, wat wel het voordeel had dat stad en land ten opzichte van de Staten-Generaal en de Raad van State een grote zelfstandigheid en vrijheid bezaten. Deze bemoeiden zich slechts in uitzonderlijke gevallen met Willemstad.
Bij het in 1609 gesloten Twaalfjarig Bestand werd de restitutie van geconfisqueerde eigendommen geregeld. Het Markizaat van Bergen op Zoom ging van prins Maurits over naar diens neef graaf Herman van den Bergh, veldmaarschalk in Spaanse dienst, die gehuwd was met de dochter van Jan van Wittem.
Prins Maurits kon echter een beroep doen op artikel XIX van het Bestand, waarin o.a bepaald was dat indien een van de partijen een plaats had versterkt, deze plaats niet hoefde worden teruggegeven. Hierdoor bleef prins Maurits in het bezit van Stad en Land van Willemstad. De financiële afwikkeling duurde nog enige jaren. In 1615 werd een overeenkomst gesloten, waarbij het markizaat de lucratieve tiendrechten in de polder terugkreeg, evenals het bezit van de dijken en een aantal gemeten land. Vanaf dat jaar was Willemstad een aparte heerlijkheid van de Oranjes. Tot op heden is een van de vele titels van koningin Beatrix Vrouwe van Willemstad.

Oorlogsdreiging
Nadat Willemstad in 1583 werd omwald, is er gedurende de Tachtigjarige Oorlog geen aanval op de vesting gedaan, hoewel het meestentijds op de grens van het oorlogsgebied heeft gelegen. Wel werden door de Spanjaarden talloze aanvallen in de polder gedaan, waarbij onder andere de niet ver van de wallen gelegen meestoof in brand werd gestoken en vee werd geroofd. Op de dijken van het Eiland waren wachthuizen opgericht waarin de boerenarbeiders en knechten 's nachts wacht moesten houden om te waken tegen vijandelijke aanvallen. Bij een van die aanvallen werden negentien mensen uit Fijnaart die in een omwald wachthuis wacht hielden, waaronder ook enkele vrouwen die er een toevlucht in hadden gezocht, door de Spanjaarden vermoord. Het dorp Fijnaart werd in brand gestoken en veel bewoners werden gevangen genomen. Geen wonder dat vele bewoners van het Eiland hun toevlucht elders zochten.
Na de inname van Breda in 1590 door middel van het bekende turfschip werd de situatie in de streek wat veiliger.
De haven en de rede van Willemstad werden regelmatig gebruikt voor het verschepen van een grote troepenmacht, zoals o.a. naar Zeeuws-Vlaanderen in 1600 en 1604.
In 1631 werd Willemstad serieus bedreigd door een sterke Spaanse vloot van ruim 90 schepen met 6000 soldaten aan boord, die onder het bevel stond van graaf Johan de Jonge van Nassau Siegen. Tevens rukte een Spaans landleger vanuit Eekeren en Breda op en bezette Roosendaal, Oudenbosch en Dinteloord.
Vier compagnieën soldaten werden door prins Frederik Hendrik naar Willemstad gezonden en alle oorlogsschepen die zich voor de Kil, Zwaluwe, Drimmelen en de Vliet bevonden werden naar de Willemstadse haven gedirigeerd. Het doel van die Spaanse aanval was een bruggenhoofd te vormen bij Willemstad en Ooltgensplaat. zodat de belangrijke en strategische verbinding tussen Holland en Zeeland in hun handen zou komen. De Spaanse vloot raakte echter verstrikt in de Zeeuwse wateren met de vele modderbanken en werd door een numeriek zwakkere vloot onder de Zeeuwse admiraal Marinus Hollare in de Slaak in de pan gehakt.
Er werden 76 schepen buitgemaakt of verbrand en 4000 matrozen en soldaten gevangen genomen. Graaf Johan kon ontvluchten via de slikken en had sindsdien als bijnaam Jan de Mosselvanger. Het Spaanse landleger trok zich hierna terug richting Antwerpen en was de oorlogsdreiging weer voorbij.

Met tussenpozen bleef het op het Eiland echter onrustig met rooftochten van Spaanse soldaten totdat de Vrede van Munster in 1648 een einde maakte aan het oorlogsgeweld.
Het einde van de Tachtigjarige Oorlog betekende voor Willemstad dat het met een kleiner garnizoen tevreden moest zijn, wat een strop voor het stadje betekende.
Zoals zo dikwijls in tijden van vrede, werd door de magistraat een beroep gedaan om meer soldaten in Willemstad te legeren.
In 1652, tijdens het stadhouderloos tijdperk, liet de Nassau Domeinraad in Willemstad een nieuwe Waterpoort bouwen die ontworpen werd door de bekende architect Pieter Post. Drie jaar later werd op de poort nog een wachthuis gebouwd, dat werd versierd met het wapen van prins Willem III.

Het rampjaar 1672
De verschillende handels- en zeeoorlogen die de Republiek voerde met Engeland en Zweden hadden geen invloed op de vesting Willemstad.
Wel die in 1672 toen de republiek in oorlog raakte met Lodewijk IV, koning van Frankrijk, Karel II, koning van Engeland, de Keurvorst van Keulen en de Prins-bisschop van Munster. Uit die tijd stamt de kreet: "de regering radeloos, het volk redeloos, het land reddeloos". De jonge prins Willem III werd door de Staten van Holland benoemd tot stadhouder en de Staten-Generaal benoemde hem tot kapitein-generaal van de Unie.
In Willemstad werd hard gewerkt aan verbetering van de vestingwerken, waarbij de inwoners van Willemstad en van Heijningen werden ingezet. Er werden o.a. borstweringen verzwaard, schuttersbanketten aangelegd, schietgaten gemaakt en de affuiten van het geschut werden gerepareerd.
De bewoners van de polder kregen opdracht hun huisraad, graan en foerage binnen de stad te brengen. De polder werd, ondanks een dringend verzoek dit op te schorten, geïnundeerd.
Alle inwoners, zelfs de oudjes boven 60 jaar, werden ingedeeld in twee vendels om gewapend met musketten, spiesen en degens wachtdiensten te doen. Gelukkig voor hen hoefden ze niet in actie te komen en in 1673 verlieten de Fransen en Duitsers onverrichtterzake ons land.
Het was gebleken dat de vestingwerken in vervallen staat waren, maar het duurde tot 1683 voordat er groot onderhoud werd gedaan.

In 1688 was het in Willemstad een drukte van belang tijdens de Roemrijke Omwenteling toen een expeditionair korps onder opperbevel van prins Willem III naar Engeland vertrok en daar het bewind van koning Karel II omver wierp. Veel schepen vertrokken van hier en het havenhoofd werd speciaal geschikt gemaakt voor het inschepen van paarden.
Door het vertrek van Willem III raakte een plan om in Willemstad een groot marinedok (haven met sluizen) te maken in het vergeetboek. Willemstad was na een groot onderzoek als beste mogelijkheid uit de bus gekomen. De gemakkelijke toegang en veilige ligplaats voor de zwaarste schepen – de wallen zouden hiertoe naar het oosten uitgelegd worden – gaven toen de doorslag. Het is er echter niet van gekomen.