Rekwisities
De komst van de Fransen in 1795 bracht veel narigheid met zich mee. Er moest regelmatig een grote hoeveelheid paarden, slachtvee, graan, haver, stro en hooi aan de Franse troepen worden geleverd. Normaal zou dat verwelkomd zijn, maar de betaling geschiedde in assignaten, waardeloos papiergeld, dat men verplicht was van de Fransen te accepteren. Deze assignaten werden echter door niemand anders als betaling aanvaard. Ook voor de legering van de soldaten ontving de stad deze waardeloze papieren. Het zou jaren duren voordat er een fractie van werd terugontvangen. Bovendien was de enorme schade van het bombardement van 1793 nog niet afgewikkeld, waardoor Willemstad met een torenhoge schuldenlast bleef opgezadeld.

Gemeentebestuur
De oranjegezinde magistraat (stadsregering) werd niet, zoals in de meeste andere plaatsen, vervangen door patriotten. Bij de verkiezing van een nieuw gemeentebestuur in 1796 werd de oranjegezinde baljuw Johannes van Oldenborgh met grote meerderheid van stemmen herkozen, evenals de zittende schepenen. De Staten-Generaal accepteerde de verkiezing van Van Oldenborgh niet en benoemde de patriottische gezinde M.H. van Oosterzee in diens plaats. Ook twee schepenen die verdacht werden van een antipatriottische houding in 1787 konden de goedkeuring van de patriottische Hoogmogende Heren niet wegdragen. Gedurende de gehele Bataafs/Franse tijd bleef de bevolking van Willemstad oranjegezind en liet dit ook dikwijls blijken.

Garnizoen
Na de eerste hectische maanden van 1795 werd het rustiger in Willemstad. Een klein Frans garnizoen bleef achter, in de loop van dat jaar vervangen door twee incomplete compagnieën Zwitsers, die tot maart 1797 in Willemstad gelegerd bleven. In de jaren daarna was er slechts een gering garnizoen, meestal bestaande uit een klein detachement artilleristen. Wel werden regelmatig op doortocht zijnde Franse en Bataafse soldaten voor korte tijd hier gelegerd.
In 1810, na de inlijving bij Frankrijk, werden er Franse troepen, marechaussees en douaniers in Willemstad gestationeerd. Bovendien werd een korps kanonniers kustbewakers (gardes-côtes) opgericht, waarvan één compagnie in Willemstad gelegerd werd. Willemstad diende 15 kanonniers te leveren, vrijwillig of aangewezen.
De Franse troepen werden afgelost door een bataljon van het 3e Regiment Irlandais, later 3e Regiment Etrangers genoemd. Naast dit vreemdelingenleger waren er Spaanse krijgsgevangenen, die tewerk waren gesteld bij de bouw van de forten De Ruijter (nu Sabina-Henrica) en De Hel.

Bestuurlijke indeling
Op 11 juni 1795 constitueerden afgevaardigden uit het voormalige generaliteitsland Staats-Brabant zich tot provisionele vertegenwoordigers van 'Bataafsch Braband'. Pas per 1 maart 1796 werd Bataafs Brabant als gelijkgerechtigde provincie erkend. Het gemeentebestuur van Willemstad, dat tot 1795 onder het gouvernement van Oranje stond (zie 1587) en zich geen onderdeel achtte van Bataafs Brabant, was nu verplicht een keus te maken onder welke provincie hij zich wilde stellen. Een verzoek werd ingediend om bij Bataafs Brabant gevoegd te worden, maar de Nationale Vergadering, die de Staten-Generaal had opgevolgd, besloot bij resolutie van 2 april 1796 dat Willemstad, evenals Dinteloord, zich naar de orders van de Provinciale Staten van Holland had te reguleren. Gesteund door het provinciaal bestuur van Brabant werden echter herhaalde verzoeken gedaan om bij Bataafs Brabant gevoegd te worden. Op 19 mei 1797 vaardigde de Nationale Vergadering een decreet af waarbij de territoriale rechten over Willemstad en Dinteloord door de representanten van Bataafs Brabant zouden worden uitgeoefend, behoudens enkele hangende financiële kwesties.
Door de grondwet van 1798 werd Bataafs-Brabant verdeeld in de departementen van de Dommel (ten oosten van de Donge met als hoofdstad 's-Hertogenbosch) en Schelde en Maas (Brabant ten westen van de Donge, samen met de Zeeuwse eilanden met als hoofdstad Middelburg). Krachtens de grondwet van 1801 kwam aan deze bizarre indeling een eind. De voormalige Hollandse gebieden ten zuiden van het Hollandsch Diep, zoals Klundert, Zevenbergen en Zwaluwe, kwamen nu ook bij Brabant.
Het departement Brabant werd in 1806 opgenomen in het Koninkrijk Holland. Koning Lodewijk Bonaparte moest onder druk van zijn broer keizer Napoleon I op 1 maart 1810 afstand doen van het gebied van Schelde en Maas, op 1 juli gevolgd door zijn resterende koninkrijk. Willemstad was dus sinds 1 maart 1810 een onderdeel van het Franse keizerrijk, ingedeeld in het arrondissement Breda van het Departement des Deux Nethes, met als hoofdstad Antwerpen.
Zowel koning Lodewijk Bonaparte als keizer Napoleon bezochten Willemstad. De eerste op 27 en 28 april 1809, de laatste op 4 oktober 1811.

Seinposten
In juli 1809 landde een groot Engels invasieleger op Walcheren met het doel om Antwerpen te veroveren. Willemstad werd in staat van beleg gesteld. Gedurende de aanwezigheid der Engelsen in Zeeland was de kustbeseining onderbroken. Om toch de bewegingen van de Engelsen zo snel mogelijk door te geven aan generaal Dumonceau in Ossendrecht en aan koning Lodewijk in het Loo, werd in aller haast een nieuwe keten van seinposten opgericht. Deze begon in Ierseke en vandaar via Tholen, Bergen op Zoom, Steenbergen, Dinteloord, Willemstad, Buitensluis, Mijnsheerenland, Rotterdam en verder naar Amsterdam waar een zijtak was naar het Loo. Om de seinmasten een zo groot mogelijk bereik te geven werden deze op de kerktorens van de diverse plaatsen gezet. Deze seinposten waren van een verbeterd Hollands type met ballen. In Willemstad werd de seinpost, een grote seinpaal met een dwarsra, op de Koepelkerk geplaatst. Pas in juli 1810, maanden na het vertrek der Engelsen, werd de seinpost ontmanteld.

Willemstad bleek echter niet lang van een seinpost verlost te zijn, want op 4 juli 1811 werd besloten om in aansluiting met de kustbeseining een lijn van semaforen aan te leggen tussen Goedereede en Willemstad. Deze "ligne semaforique de Willemstad" werd aangelegd om eventuele vijandelijke scheepsbewegingen op het Haringvliet en Grevelingen/Krammer/Volkerak waar te nemen en door te geven. Dit keer werd gebruik gemaakt van Franse semaforen met wieken naar het model van Chappe. In augustus werd met de constructie hiervan begonnen. De semaforen werden geplaatst op de torens van Goedereede, Middelharnis, Oude Tonge, Ooltgensplaat en Willemstad. In Willemstad werd ditmaal niet de kerktoren maar de toren van het stadhuis gebruikt, die hiervoor zijn spits moest opofferen.
Deze lijn heeft tot het vertrek der Fransen op 10 december 1813 gefunctioneerd.

Vertrek der Fransen
Met de catastrofale terugtocht van de "Grande Armée" uit Rusland eind 1812 begon de aftakeling van het Franse Imperium. In de Volkerenslag bij Leipzig (16-19 oktober 1813) werd Napoleon verpletterend verslagen door de Russen, Pruisen en Oostenrijkers. Begin november 1813 bereikten oprukkende Russen de Nederlandse oostgrens. De 24e november werd door de Franse commandant in Willemstad de staat van beleg afgekondigd. Op 30 november landde prins Willem Frederik in Scheveningen en werd op 2 december tot soeverein vorst der Nederlanden geproclameerd, hoewel nog een groot deel van het land in Franse handen was.
Op 5 december werd Hellevoetsluis door de Fransen ontruimd. Het daar gestationeerd Frans flottielje vertrok naar Willemstad, maar kon niet doorvaren naar Antwerpen omdat het fort Duquesne bij Ooltgensplaat al was gevallen.
Op 7 december kreeg de commandant van Willemstad opdracht van de Franse generaal Decaen om met het bataljon Regiment Etrangers direct naar Antwerpen te vertrekken voor nieuwe orders. Op 10 december werden de in Willemstad gelegen schepen verlaten en vertrokken de laatste Fransen uit Willemstad. Keizer Napoleon was woedend over het verlaten van Breda en Willemstad. Hij meende dat een zeemacht alleen al Willemstad had kunnen verdedigen en ontsloeg generaal Decaen op staande voet.

Hersteld Nederland

Vesting Willemstad
Na het vertrek der Fransen ontscheepten hier, als zo dikwijls was gebeurd, veel Engelse troepen. De nieuwe soeverein, koning Willem I, bezocht de vesting op 13 juni 1815, twee dagen voordat Napoleon de zuidelijke grens van het nieuwe koninkrijk overtrok en vijf dagen voordat deze bij Waterloo definitief werd verslagen. De koning besteedde veel aandacht aan de vesting, maar het leverde weinig op.
Alhoewel een aantal heerlijke rechten na 1813 werden hersteld, werden die van Oranje op Willemstad – evenals het gouverneurschap over Willemstad van vóór 1795 – nooit hersteld. De titel Heer van Willemstad – en nu Vrouwe – had voortaan alleen maar een symbolische betekenis.

Tijdens de Belgische Opstand 1830 – 1839 werd Willemstad weer in staat van verdediging gebracht, evenals in 1870 tijdens de Frans – Pruisische Oorlog.
Bij de wet van 21 december 1853 werd een verbod ingesteld binnen een bepaalde kring rond een vestingwerk gebouwen te stichten of werken te doen. Willemstad werd hierin als vesting der eerste klasse geclassificeerd.
Bij de Vestingwet van 1874 werd een groot aantal vestingen opgeheven. De resterende vestingen werden ingedeeld bij een aantal stellingen. Willemstad werd de centrale vesting van de Stelling van het Hollandsch Diep en het Volkerak.

Landbouw
Hoewel een goed garnizoen belangrijk voor de Willemstadse middenstand was, was landbouw toch de belangrijkste bron van bestaan. Meer dan 50% van de actieve mannelijke beroepsbevolking verdiende hierin een schamele boterham. Ook veel vrouwen en kinderen werkten mee op de akkers.
Volgens een opgave van het gemeentebestuur bestond de gemeente in 1811 uit 1933 ha, waarvan 1125 ha akkerbouw (voornamelijk granen), 443 ha weiland, 54 ha dijken, 28 ha houtland, 25 ha riet en 258 ha ongecultiveerd.
Vooral de jaren 1850 tot 1880 waren goede jaren voor de landbouw. In 1880 begon een landbouwcrisis die veroorzaakt werd door ongelimiteerde import van het veel goedkopere Amerikaanse graan. De aardappel- en suikerbietenteelt namen steeds meer toe, de laatste vooral gestimuleerd door de bouw van een aantal suikerfabrieken in de omgeving. In 1868 besloeg de aardappelteelt 48 ha en die van suikerbieten 18 ha. Dertig jaar later waren dat er resp. 81 en 147 ha.
Voor een betere afwatering van de polder werd aan de Kromme Kreek zuidelijk van de Bovensluis in 1850 een windmolen gebouwd, die in 1882 werd vervangen door het stoomgemaal Eensgezindheid.

Nieuwe Godshuizen
De komst van de Watergeuzen op het Eiland van de Ruigenhil in 1572 betekende een eind van de rooms-katholieke parochie en het begin van de protestantisering.
De weinige overgebleven rooms-katholieken konden alleen nog terecht in Standdaarbuiten.
Voor katholieke militairen van het garnizoen werden in 1766 twee kamers in de kazerne beschikbaar gesteld.
In de Bataafse tijd hadden alle godsdiensten gelijke rechten en vrijheden gekregen. In 1796 werd in Fijnaart een katholieke parochie opgericht, waartoe ook Willemstad ging behoren. De gemeente vermeldde in 1818 dat er toen 28 katholieke gezinnen in de kom woonden en dat er 56 katholieke militairen in garnizoen waren.
In 1832 kreeg Willemstad zijn eerste pastoor, namelijk de 29-jarige kapelaan J. van Genk. In de Landpoortstraat werd een huis voor hem gekocht, waarin tevens de godsdienstoefeningen konden worden gehouden. Achter dit huis werd in 1834 een schuurkerk gebouwd. De nieuwe parochie kreeg de naam H. Maagd Maria, dezelfde naam als de parochie van 1566.
Na afbraak van huis en schuur werd in 1874 een nieuwe pastorie gebouwd en op 23 juli 1874 werd de eerste steen gelegd voor een kerkje in neogotische stijl, die evenals de pastorie was ontworpen door architect P. Soffers. Deze kerk werd op 21 april 1875 ingewijd. Het toenmalige interieur van de kerk is te zien op bijgaande foto uit 1915. In november 1944 werd zij door artilleriebeschietingen ernstig beschadigd en in andere stijl herbouwd.

In 1834 ontstond er in de Ned. Hervormde Kerk een afscheidingsbeweging, die ook in Willemstad tot gevolg had dat een kleine groep zich afscheidde. Een verzoek aan de gemeente om erkend te worden en om hun erediensten in een schuur te houden werd afgewezen. Eerst in 1841 werd bij Koninklijk Besluit een "Christelijk Afgescheiden Gemeente te Willemstad" toegelaten. De erediensten werden gehouden in een schuur achter wat nu het Wapen van Willemstad is.
Een nieuwe afscheidingsbeweging in de Ned. Hervormde kerk ontstond in 1886, de zgn. doleantie (=geestelijk verontrust, smart lijden). De dolerende kerken gingen in 1888 op in de "Nederduits Gereformeerde Kerken". Deze fuseerden in 1892 met een deel der afgescheidenen van 1834 tot de "Gereformeerde Kerken in Nederland". Aanvankelijk maakten de dolerenden aanspraak op de Koepelkerk en andere bezittingen van de Ned. Hervormde Kerk, maar dit ging toch niet door. Daarom werd aan het gemeentebestuur verzocht een eigen kerkgebouw te mogen stichten. Dit verzoek werd door het gemeentebestuur afgewezen met als reden dat hierdoor onrust en verdeeldheid onder de burgerij zou ontstaan. Van Gedeputeerde Staten verkregen zij wel toestemming voor een kerkgebouw, maar het gemeentebestuur ging hiertegen in beroep. Op 19 april 1890 besliste de Raad van State dat de gemeente de bouw van een kerk moest toestaan.
Vanaf 1889 waren de dolerenden in een schuur aan de Voorstraat bijeen gekomen. Op 28 juli 1890 werd daar de eerste steen gelegd van het nieuwe kerkgebouw met aansluitend daaraan een schoolgebouw. De minimale afstand tot de Koepelkerk en de maximale hoogte van de toren werd door het gemeentebestuur nauwkeurig bepaald. In het schoolgebouw werd op 3 augustus 1891 door de Vereniging "School met de Bijbel" met het christelijk onderwijs gestart.

Verbindingen
Sinds 1797 bestond er een postwagendienst van het Tolhuis aan de Buitensluis, via Willemstad, Dinteloord, Steenbergen, Bergen op Zoom naar Antwerpen. Kort daarop werd een contract gesloten met Katendrechtse voerlieden om hun passagiers naar Antwerpen via de Buitensluis en Willemstad te vervoeren. In de winter waren de onverharde dijken en wegen echter te slecht, waardoor de route dan via Moerdijk liep.
Bij een decreet van 16 december 1811 werd voor West-Europa een wegennet vastgesteld met o.a. de verbinding Amsterdam – Antwerpen over Rotterdam – Numansdorp – Willemstad – Steenbergen – Bergen op Zoom. Deze weg werd tot keizerlijke weg van de 3e klasse verklaard.
Naast de al bestaande markt- beurt- en overzetveren die nog van wind en getij afhankelijk waren, kreeg Willemstad op 15 mei 1889 een dagelijkse stoombootverbinding met Dordrecht en Rotterdam. Deze werd verzorgd door de Rederij "Thor" van Arie Smit te Slikkerveer met het s.s. "THOR VI", later vervangen door de "THOR VIII". Overigens deden voordien al raderstoomschepen, die vanuit Rotterdam, Middelburg en Zierikzee lijndiensten onderhielden, regelmatig Willemstad aan. Hoewel Willemstad in een uithoek van Brabant lag, was er van een isolement toch geen sprake. Alleen zware ijsgang bemoeilijkte de verbindingen met Holland, waarop Willemstad economisch was aangewezen. Hierop was men echter op voorbereid door 's winters grotere voorraden aan te leggen.

In 1870 werd er een telegraaflijn vanaf Moerdijk naar Willemstad aangelegd en drie jaar later een lijn naar Oude Tonge via de forten De Hel en De Ruijter. Voor de telegraafdienst werd in 1872 aan de Kerkring een nieuw telegraafkantoor, tevens postkantoor gebouwd.